问题： 两篇论文用类似的方法，但不同的材料和运用，会有问题吗？

如果是内容和侧重点完全不同的两个研究，论文的方法章节内容相似是不行的。第二篇论文内容应该要是完全不同的内容，包含文献回顾、结果、讨论和结论，都该跟第一篇论文完全不同。

另一种可能性是第二篇论文是以第一篇为基础发展而成的，也就是说，第二篇论文是同个研究的第二部分。如果是一个系列研究，就可以用同样的方法进行不同的操作，得出不同的寄过。这时候，论文中要清楚说明这里使用的是跟先前的研究一样的方法并注明出处。

不过，我不懂为何摘要内容会相似。一般来说，摘要是论文的简介，介绍论文的重点。如果材料、运用跟结果是不一样的，论文的重点也该不同才是。

不同的论文，内容也该完全不同，这点是很重要的。如果两篇论文的侧重点还有呈现方式没有显著差别，有可能会被视为一稿多投或香肠论文。你应该要特别小心。如果你绝地两篇论文很相近，或是内容有很多重复的地方，最好不要发表第二篇论文，或是将第二篇论文当作是后续研究进行发表。你可以向期刊编辑进行投稿前咨询，提供论文的简要介绍，询问是否能够发表先前研究的第二部分。