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给科研新手的数字工具指南：文献检索与文献管理工具
全球的研究和发表版图都在改变，随着学术圈的竞争日趋激烈，科学家面临了需要用更快的速度发表研究的强大压力。另一方面，期刊发表流程依旧缓慢，科研人员争相发表取得“研究优先权”，研究人员的工作已经不局限于做研究、写论文和发表研究，他们还要跨越地域限制进行合作，担任审稿人和期刊编辑对学术界做出贡献，参加国际会议与其他同行建立人脉网络，向学术圈内外人士宣传自己的研究工作，时时跟进领域的最新发展和创新，现在更要小心掠夺性出版商和其他学术出版产业中的陷阱，科研人员还能不苦嘛！
为了帮助科研人员在这么多身份间游刃有余地切换，现在学术出版界出现了诸多创新。2013 年开始，学术圈出现了许多数字工具，协助各种文献搜索、研究写作、参考文献管理、期刊选择、研究合作、人脉网络、数据共享和研究宣传等活动。除此之外，也有许多跟开放科学和开放数据相关的工具，也有为了让科学更有效率致力标准化的人。荷兰乌得勒支大学 (Utrecht University) 图书馆的图书馆员 Jeroen Bosman 和 Bianca Kramer 正在进行学术沟通创新 (Innovations in Scholarly Communication) 项目，整理学术发表范围内出现的众多工具与创新，目前已列出超过 400 种工具，正在调查这些工具在各种研究工作中的用途。
本系列共有两篇文章，主要探讨该项目中所列出科研人员在不同研究阶段可以利用的工具，在第一篇文章中，我会介绍跟文献搜索和参考文献管理相关的工具。
文献检索
目前有许多工具能帮助科研人员在迄今已发表的上百万篇论文中徜徉，有搜索引擎，采集工具，也有数据库，让科研人员可以找到相关靠谱的来源进行文献综述，帮助他们知道领域内的最新文献信息。有些数据库还提供特殊功能让检索工作更方面，以下列举：
谷歌学术：相信这是大部分的科研人员都知道也有在使用的工具。谷歌学术是非常受欢迎的搜索引擎，专门帮助科研人员搜索各个领域学术文献，只要键入相关关键词即可。
F1000Prime：这是另一个搜索引擎，找出并推荐生物和医学领域的重要研究文献，这个工具的特点在于文章是由顶级科学家和临床医师所选出来的，他们会对文章进行评分并说明研究的重要性。
PubPeer：科研人员可以在这个平台上通过 DOI、PMID、arXiv ID、关键词或作者姓名来检索论文。除了查找相关文献外，还可以在上面匿名留下对文章的评论或开展讨论。
PubChase：使用 PubMed 数据库，这个工具协助生物医药研究人员查找浏览研究论文摘要，收藏在自己个人的 PubChase 图书馆中。这个工具会根据用户所收藏的内容推荐文章。
参考文献管理
参考文献管理工具是科研人员在写作的时候用来处理参考文献和引用的软件，参考文献管理工具会储存全文论文和参考文献，用户也能在 PDF 中做笔记和注释。最重要的是，这类的工具可以在写作的同时排版内文引用和参考书目。因此，如果论文不幸被期刊拒绝了，需要改投别的期刊，作者不需要花时间根据新的期刊规定重新排版，只要在软件中一键重新排版即可。下面是一些受欢迎的参考文献管理工具，请注意有些领域会有自己偏好的工具，在选用的时候建议先征询同行专家的意见。
Zotero：这个工具可让用户搜集、组织、引用、分享自己的研究来源。Zotero 会自动下载并储存用户所阅读的文章 PDF 档案，将所有的参考书目信息提取出来。不管是在微软 Word、Open Office 或是 Google Docs 上进行写作，用户都可以轻松进行检索并添加内文引用，Zotero 会自动列出参考书目。但 Zotero 没有办法对 PDF 进行注释，用户需要自己记录在别的档案中，但还是能进行查找。
Mendeley：Mendeley 是兼具社交网络、参考文献管理和文章视觉化等功能的工具，参考文献管理功能可以轻松储存并读取文章，有微软 word 引用工具，让用户可以直接在档案中添加参考文献。跟 Zeotero 不同，用户可以在 Mendeley 程式中直接浏览添加注释在 PDF 文档。该平台最好的功能是研究人员可以建立群组，互相合作并分享文档。
ReadCube：这是一个发现、管理研究文献并添加注释的程式。ReadCube 提供优化的 PDF 阅读体验，在静态 PDF 文档中提供互动引用，整合作者信息，提取补充数据，相关文章及全屏图片浏览。
EndNote：科睿唯安的软件工具，是科研人员发表和管理参考书目、引用及参考文献的工具，特别受欢迎。研究人员可以建立自己的参考文献图书馆，自己手动添加或是直接汇入参考文献，组织并储存参考文献，使用 EndNote 建立并编辑引用。EndNote 也让研究人员分享自己的研究和参考文献，可以分享全文档案或是笔记给其他 EndNote 用户。
在下一篇文章中，我会介绍一些项目管理和数据分享的工具。
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