问题： 一稿多投？好奇怪呀

从主编的回复看来你的论文不符合 PCA 的排版要求，你在投稿前有详细了解 PCA 的要求然后排版吗？如果楼主的论文还是 JSS 的排版形式，期刊编辑马上就能看出来，也知道你先前投稿过别家期刊。
一稿多投是很严重的，如果你在多篇主题相近的论文里使用同样的数据，即使方法不同，也有可能被判定是一搞多投。道德委员会和编辑委员会以及期刊指南都明确表示作者如遇有相似或重叠的研究时必须在投稿时递交该研究文章。此外，文章间必须要清楚标示彼此在参考文献中。
你可以采取的办法有 2 个，不是重投 JSS 就是投稿到其他期刊。修改的时候，最好把先前相关的论文加到 reference 里面。记得要根据期刊的要求排版，最重要的是在投稿信中提及你先前有相似的论文已经投稿到EI期刊，并在投稿时附上该论文。
我还建议你与EI期刊编辑接洽，向他们告知你又写了相似主题的论文，如果可以，最好附上最近的这篇论文。如此一来，能够保证新的这篇论文不致被退稿，或甚至在发表后被撤稿。