问题： 查重应该包含参考文献吗？

参考文献通常不会进行查重，因为这部分的内容通常相似度都很高。参考文献不包含是确定的，但多少百分比算是重复率过高则没有一定的规则，每个期刊的标准可能有所不同，也可能根据领域以及内容的性质而有改变。一般来说，根据 2013 年的期刊编辑报告，超过 50% 的重复率算是危险，不过大部分的期刊编辑都会将查重检查报告当作补充信息，并进行人工检查。许多期刊也会将材料章节排除，因为这个章节的用语都差不多，也多有重复。

我会建议你排除参考文献后进行查重，如果重复率超过 30% 的话，就需要仔细检查。最重要的是，不管有没有被查重软件标示出来，只要是引用自其他来源的内容，都应该要确实标注出处。

希望我的回答有用，你还可以参考《意得辑专家视点》上关于抄袭的详细指南。