eLife 新推出计算结果可复现文章,将能让用户修改图表
eLife 是生物医学和生命科学在线科研期刊,该网站推出了第一个“计算结果可复现”( computationally reproducible) 文章,让读者能直接修改原始底层代码来验证工作。文章中的图表包含“能产出这些图标结果的软件、数据和计算环境”。像这样子的研究文章能让读者修改底层代码,产出修改后的结果,以便能更好地了解研究中呈现出的结果。
eLife 这篇精进过的文章,最先是在 2012 年以传统形式发表的,主题为癌细胞中的突变基因如何影响其他基因的行为,该研究隶属“可重现项目:癌症生物学”,主要是想测试肿瘤研究结果的可重复性。
这个文章是使用名为 eLife Reproducible Document Stack 的开源工具所产生的,看起来就像一般的文章,但文章中的每一个图表都有一个蓝色箭头,点击后就会出现图表背后的程式代码,用户可以直接修改代码查看修改后的图表结果。
eLife 文章不若其他软件,并不需要安装任何东西就能让读者在文章中查看并修改代码。美国宾夕法尼亚大学医学院生物信息学家 Casey Greene 观察到,文章使用附有误差条的条形图来总结部分数据,用户也可以选择用不同的形式的图表,更有效地表现趋势。
研究人员认为 eLife 的可复现文章是让研究论文摆脱单纯阐述结果,成为互动性资源的重大一步。乔治华盛顿大学机械和航空航天工程师暨复现专家 Lorena Barba 说道:“eLife 现在在做的,是升级研究论文,使其不单单只是文字而已,但这个多方面的传播媒介将数据还有代码整合在其中。”
《F1000Research》和《GigaScience》等期刊也有类似的文章,通过小部件提供代码和执行环境,但 eLife 是第一个将代码直接放在文章中的期刊,美国洛克菲勒大学神经学家 Cori Bargmann 将这个文章称为“论文的未来”。
目前,用户无法添加自己的数据到论文的图表中。eLife 产品与用户经验总监 Giuliano Maciocci 表示他们正在开发能让用户下载文章到自己的计算机进行运算的功能,那么用户就能使用原作者的代码分析自己的发现。他还补充道,文章是使用开放源代码软件所产生的,有兴趣的出版社都可以利用。Maciocci 也保证目前文章中没有支持的参考文献和补充图表都会很快补上。
这个研究的作者是开放科学中心研究总监 Tim Errington,他相信 eLife 文章代表着研究论文形式已经进化,还说现在“所有我做的事情都有可能曝光”,同时他也强调需要找出让这个技术更好运用的方式。
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参考文献: